Afirmando que "a despeito de trazer à baila algumas discussões importantes, e de conter sugestões interessantes, o projeto da Universidade Nova suscita questionamentos mais pelos equívocos que parece conter e pelas ameaças que, no nosso entendimento, podem trazer para a formação universitária em nosso país, com impacto negativo em nosso desenvolvimento econômico e social", o reitor Ronaldo Pena entrou no debate sobre o tema, por meio de artigo publicado na imprensa (Estado de Minas, 01-04-2007, pág. 19). Nele, Pena aponta os equívocos da proposta e faz uma veemente defesa da universidade pública, assinalando que, como a chamada Universidade Nova "parece se ancorar na idéia de ser implantada apenas no sistema federal, haverá um forte desequilíbrio regional, beneficiando alguns poucos Estados que têm expressivo parque universitário estadual, mas poucas vagas em instituições federais". E conclui afirmando: "Um projeto que apresenta tantas fragilidades como as aqui mencionadas e que pode comprometer, de forma tão decisiva, o futuro da Universidade Pública Brasileira".