A principal divergência entre a UFMG e o Tribunal de Contas da União (TCU), e que motivou ação da Universidade no Supremo Tribunal Federal (STF), está relacionada ao conceito de “desenvolvimento institucional”. A Lei 8.958, de 1994, regulamentada dez anos depois pelo Decreto 5.205, estabelece que as universidades podem contratar suas fundações de apoio sem licitação, desde que os objetos das contratações sejam projetos de ensino, pesquisa, extensão e desenvolvimento institucional. É essa lei que regula as relações entre as fundações e as instituições de ensino superior. O decreto classifica como ações de desenvolvimento institucional aquelas de “natureza infraestrutural”. No atual entendimento do Tribunal de Contas, no entanto, algumas ações, como obras de engenharia, não dizem respeito à infraestrutura e, por isso, não se enquadram no conceito de desenvolvimento institucional. O texto do acórdão diz “(...) não ser lícita a contratação direta de fundação de apoio para a execução de obras de engenharia ou a celebração de convênio com objetivo semelhante, eis que tal atividade não se enquadra na expressão 'desenvolvimento institucional' de que trata a Lei 8.958/1994”. No mandado de segurança, a UFMG contesta essa interpretação e argumenta que as obras, gerenciadas pela Fundação de Desenvolvimento da Pesquisa (Fundep), têm impacto positivo nas atividades acadêmicas. Em outros momentos, o TCU respaldou a contratação da Fundep e interpretou “desenvolvimento institucional” de forma diferente da atual. É o caso do Acórdão 349, de 2007. No documento, fruto de auditoria para verificar a legalidade e a economicidade do projeto Campus 2000, por meio do qual foram construídos novos prédios no campus Pampulha, o TCU concluiu que “(...) a unificação das instalações das unidades envolvidas no campus da Pampulha tem conseqüências relevantes nos aspectos acadêmicos (integração interdisciplinar e melhoria da infra-estrutura das unidades finalísticas) e de custos da Universidade. Por conseguinte, o convênio tem produto que resulte em efetivo desenvolvimento institucional (...)”. Segundo o procurador-geral da UFMG, Fernando Jayme, o Acórdão 2.731 contradiz a jurisprudência criada pelo próprio TCU e prejudica uma relação entre a Universidade e o Tribunal que vinha se pautando, nos últimos anos, por um diálogo em torno do aperfeiçoamento de mecanismos de contratação de obras e serviços.