A origem da SBPC remonta ao ano de 1948, época marcada pelo fim da Segunda Guerra Mundial e pela expansão do ideal da ciência como um método de promoção do desenvolvimento social e econômico no mundo.
Talvez motivados por esse sentimento, um grupo de cientistas fundou, em 8 de julho de 1948, na Associação Paulista de Medicina, uma Sociedade para o Progresso da Ciência. Os primeiros anos de existência da SBPC coincidem com a institucionalização da ciência no Brasil – em 1951, foram criados o Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) e a Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes) – e com a estruturação das instituições de nível superior no país.
Em seus 90 anos de história, a UFMG sediou quatro vezes a Reunião Anual da Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência, congregando a comunidade universitária no debate para a promoção da ciência e da tecnologia no país.