O Fórum de Pró-Reitores de Pós-Graduação e Pesquisa (FOPROP) surgiu em 1985, com 51 participantes, a maioria do sudeste, no bojo da redemocratização do país e no contexto das discussões sobre os grandes temas nacionais, entre os quais o papel da universidade, da ciência e da tecnologia em um país em processo de abertura política, econômica e cultural.

A reunião que deu origem à entidade, realizada entre os dias 20 e 22 de março, na Universidade Federal Fluminense (Niterói/RJ), ocorreu três meses após a eleição indireta de Tancredo Neves para a Presidência da República, uma semana após a criação do Ministério de Ciência e Tecnologia, e poucos meses antes da realização da I Conferência de Ciência e Tecnologia. A comunidade acadêmica, a exemplo do que vinha ocorrendo com os diferentes setores da sociedade brasileira, reclamava por democracia e pela ampliação dos espaços de participação no processo decisório das políticas setoriais e nacionais.

Os propósitos do Fórum na época de sua criação eram modestos e circunscritos a um grupo relativamente pequeno de instituições federais de ensino superior. No início, a organização era composta principalmente por instituições federais de ensino superior dos estados de São Paulo, Minas Gerais e Rio de Janeiro, que eram responsáveis pela quase totalidade dos programas de pós-graduação e pela maior parte da pesquisa científica e tecnológica produzida no país.
Hoje, o FOPROP é uma entidade de direito privado com mais de 248 instituições associadas, que representam diferentes segmentos (públicos, comunitários e privados) de todas as regiões do país. O FOPROP promove e defende a pesquisa, a pós-graduação, a tecnologia e a inovação, identificando as necessidades nacionais e regionais nessas áreas e propondo políticas para agências de fomento.

Em 2013, com a aprovação de seu novo Estatuto, a Diretoria Executiva deu início ao processo de institucionalização, com definição de endereço, registro em cartório, criação de CNPJ, abertura de conta bancária, organização do processo de filiação e outras ações exigidas pelos órgãos fazendários. A sede física da entidade encontra-se em Brasília, nas dependências do Conselho de Reitores das Universidades Brasileiras (CRUB), tendo uma organização desconcentrada em termos regionais e do ponto de vista dos segmentos (públicas federais, estaduais e municipais, comunitárias e particulares).

A missão do FOPROP é congregar esforços na identificação das necessidades nacionais e regionais, nas áreas de pesquisa, inovação e pós-graduação, e propor às agências de fomento nacionais, regionais; e/ou estaduais a adoção de políticas para implementação das soluções apresentadas e assessorar a concepção, o planejamento, a organização, o desenvolvimento e a execução de políticas de pesquisa, inovação e pós-graduação no país, colaborando com as associações de dirigentes universitários e com as instituições de fomento e apoio ao desenvolvimento de pesquisa e pós-graduação.