O conjunto de acervos é formado por aproximadamente 24.000 itens entre peças e espécimes científicos preservados e vivos e contextualizados nas áreas da Arqueologia, Paleontologia, Geologia, Botânica, Zoologia, Etnografia e Arte Popular.

Ainda como parte desse conjunto e envolvendo as áreas citadas podem ser mencionados 3.750 livros e 19.134 números de periódicos, nacionais e estrangeiros, que se encontram na biblioteca do MHNJB, assim como um expressivo conjunto de fotos e de documentos do museu, incluindo aqueles relativos ao Presépio do Pipiripau.

Parte dos acervos encontra-se disponível para visitação nos espaços expositivos do Museu.