Da parte da Geologia, os acervos do MHNJB são constituídos por minerais, em parte com valor gemológico ou com aplicação industrial, e por rochas, com aplicação ornamental ou não, mas importantes para o entendimento dos processos geológicos formadores de rochas. Em parte expostos, esses materiais ajudam a contar, tanto a história da formação da terra, quanto da formação dos principais depósitos minerais de Minas Gerais, com ênfase nas minerações do ouro, dos diamantes e do ferro.
