A coleção do MHNJB formada por espécimes da Zoologia é constituída de espécimes entomológicos (insetos – com destaque para abelhas, besouros e borboletas), ornitológicos (aves – com destaque para colibris), mastozoológicos (mamíferos: roedores, marsupiais e morcegos) e malacológicos (conchas). Além desses, integram-se também à coleção zoológica: peles, materiais regurgitado de coruja conservados em meio líquido e em vidro, vestígios esqueletais diversos, individuais ou conjuntos e conservados em vidro, peixes, répteis (cobras e tartarugas), anfíbios (rãs e pererecas), crustáceos (caranguejos, camarões e ermitões), moluscos (lula, ostra e lesma do mar), poríferos (desmoponjas e esponjas), anelídeos (minhocas), aracnídeos (aranhas, escorpiões e carrapatos), equinodermos (lírio-do-mar, pepino-do-mar e bolacha-do-mar), vermes (platelmintos, parasitas e lombriga), entre outros, conservados também em meio líquido e em vidro, além de exemplares taxidermizados.
