Voltando no tempo, pode-se encontrar no ato de reunir ou colecionar curiosidades naturais, praticado por colecionadores medievais e da Renascença, uma provável origem para os museus de História Natural. Sabe-se que aqueles que colecionavam essas curiosidades buscavam adquirir poderes mágicos que lhes permitissem promover a longevidade, a cura medicinal, a fertilidade e até mesmo a virilidade sexual.
Durante os séculos XVI e XVII, essas coleções passaram a ocupar espaços identificados com Gabinetes de Curiosidades ou ainda Quartos das Maravilhas, que já mostravam sinais de terem se transformado em centros de pesquisa, na medida em que as coleções ali presentes passaram a fornecer importantes informações para os cientistas da época. Nesses centros as coleções encontravam-se organizadas segundo dois eixos, a saber: o Naturalia e o Mirabilia. O primeiro contemplava exemplares dos reinos: mineral (mineralia), envolvendo exemplares de rochas e de minerais; animal (animalia), representado por fragmentos ósseos, conchas e animais taxidermizados; e vegetal (vegetalia), compreendendo espécimes botânicos vivos ou desidratados. O segundo eixo contemplava objetos produzidos pelo Homem (artificialia) e todos aqueles entendidos como antigos ou exóticos e que normalmente contavam a história de povos mais antigos. A História Natural resultou, pode-se dizer, da reunião desses eixos e da implantação de processos de classificação e ordenamento.
Durante os séculos XVIII e XIX, a História Natural experimentou grande desenvolvimento na Europa e essa era a denominação que compreendia todas as atividades de cunho científico. Seus pesquisadores atuavam em uma ou em outra das áreas do conhecimento relacionadas com ela, mas não raro um mesmo pesquisador envolvia-se com várias delas ao mesmo tempo e todos eram conhecidos como naturalistas. Muitos desses estudiosos estiveram no Brasil naquele período e ficaram conhecidos como viajantes naturalistas. Naquela época, materiais coletados por esses viajantes contribuíram também para a criação ou a ampliação de um grande número de museus em várias partes do mundo, entre meados dos séculos XVIII e XIX.
Em seguida e já no século XX, o paradigma da evolução, levantado no XIX, manteve-se como a espinha dorsal dos estudos e dos museus de História Natural. Entretanto, em fins do século XX, questões relacionadas com o meio ambiente, a biodiversidade e a geodiversidade foram colocadas e tornaram-se os novos paradigmas da História Natural do século XXI.
Atualmente, a História Natural e seus museus continuam mantendo variado conjunto de atividades, envolvendo aquelas áreas do conhecimento tradicionais e outras mais recentes. No MHNJB da UFMG a Arqueologia, a Botânica, a Etnografia, a Cartografia Histórica, a Geologia, a Paleontologia e a Zoologia representam algumas dessas áreas.