Franklin Alan Sher obteve seu doutorado na Universidade da Califórnia, em San Diego, nos Estados Unidos e realizou seu treinamento de pós-doutorado na Divisão de Parasitologia do Instituto Nacional de Pesquisa Médica em Mill Hill, Londres, Inglaterra. Em 1980, após vários anos como pesquisador associado e, posteriormente, professor assistente no Departamento de Patologia da Harvard Medical School, ele se juntou ao National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), nos Estados Unidos,  como chefe de seção no Laboratório de Doenças Parasitárias (LPD). Sher tornou-se chefe do LPD em 2003 e foi promovido a Pesquisador Distinto do NIH em 2011. Em junho de 2022, encerrou seu programa de pesquisa laboratorial para se concentrar principalmente em atividades de mentoria.