As pesquisas de John Hopcroft estão centradas em aspectos teóricos da computação, em especial nas áreas de análise de algoritmos, teoria de autômatos e algoritmos em grafos. Ele recebeu o A. M. Turing Award em 1986, é membro da National Academy of Sciences (NAS), da National Academy of Engineering (NAE) e fellow da American Academy of Arts and Sciences (AAAS), da American Association for the Advancement of Science, do Institute of Electrical and Electronics Engineers IEEE), e da Association of Computing Machinery (ACM).