Atualmente, as atividades de investigação do Prof. José Fernando Ferreira Mendes incidem essencialmente sobre o estudo das propriedades de redes. Neste tipo de estudos têm sido usadas maioritariamente técnicas analíticas, recorrendo-se em alguns casos a métodos de simulação. O principal objetivo é compreender tanto para redes de equilíbrio, como de não equilíbrio as suas propriedades estruturais e topológicas. Para além disto, tem estado envolvido em estudos de crescimento epitaxial, através da deposição de partículas em superfícies, usando técnicas de simulação de Monte Carlo. Por último, tem também realizado investigação em meios granulares, nomeadamente em sistemas tipo pilha de areia e tambores em rotação.