Os acervos do MHNJB são importantes por compreenderem peças de grande valor científico, acrescido em muitas pelo valor histórico. O conjunto é formado por aproximadamente 150.000 itens entre peças e espécimes científicos preservados e vivos (reserva vegetal) e contextualizados nas áreas da Arqueologia Histórica e Pré-Histórica, Arte Popular, Botânica, Cartografia Histórica, Etnografia, Geologia, Paleontologia e Zoologia. Ainda como parte desse conjunto temos um expressivo acervo de Documentos do Museu, incluindo aqueles relativos ao Presépio do Pipiripau.

Em grande parte, esse material chegou ao Museu como resultado de atividades de pesquisa em vários sítios arqueológicos e outras áreas com interesse geológico, paleontológico, zoológico ou botânico, envolvendo coletas realizadas por pesquisadores do Museu em inúmeras jornadas de campo. Além desses, outros registros e conjuntos museológicos foram também adquiridos por meio de legado e doações.

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