O acervo de Zoologia é constituído de espécimes entomológicos (insetos – com destaque para abelhas, besouros e borboletas), ornitológicos (aves – com destaque para colibris), mastozoológicos (mamíferos: roedores, marsupiais e morcegos) e malacológicos (conchas). Além desses, integram-se também à coleção zoológica: peles, materiais regurgitados de coruja conservados em frascos, vestígios esqueletais diversos, individuais ou conjuntos e conservados em frascos e vidros, peixes, répteis (cobras e tartarugas), anfíbios (rãs e pererecas), crustáceos (caranguejos, camarões e ermitões), moluscos (lulas, ostras e lesmas do mar), poríferos (desmoponjas e esponjas), anelídeos (minhocas), aracnídeos (aranhas, escorpiões e carrapatos), equinodermos (lírios-do-mar, pepinos-do-mar e bolachas-do-mar), vermes (platelmintos, parasitas e lombriga), entre outros, conservados também em meio líquido e em vidro, além de exemplares taxidermizados.