A Biblioteca do MHNJB/UFMG, desde o início da sua atuação, procurou adaptar-se aos objetivos da instituição, procurando oferecer serviços relevantes à sua comunidade usuária. Parte do acervo que possui foi herdada do antigo Instituto Agronômico, sendo alguns desses exemplares cedidos a professores do ICB, que posteriormente os doaram à biblioteca.
Na década de 90, a biblioteca passou a se localizar no prédio atual da administração do museu. A partir desse período, foram adquiridas importantes publicações, como a coleção Flora brasiliensis, obra editada em latim pelo estudioso alemão Karl Von Martius. Em 2013, passou por significativa reforma de seu espaço físico e renovação do mobiliário, ação que melhor adequou seu ambiente para o atendimento de suas finalidades.
Atualmente, a Biblioteca do MHNJB/UFMG é parte do Sistema de Bibliotecas da UFMG, conta com uma profissional bibliotecária e acervo especializado nas áreas cobertas pelo museu. E, para ampliar seu leque de usuários, tem envidado esforços para atender, além da comunidade da UFMG, também ao público visitante externo.
A Biblioteca conta hoje com títulos especializados nas áreas de Arqueologia, Paleontologia, Geologia, Cartografia Histórica, Arte Popular, Botânica, Zoologia, Educação Ambiental, Museologia e Conservação, dentre outras relacionadas.