EEco-UFMG tem a seguinte estrutura organizacional:

• I – Conselho Diretor;
• II – Diretoria;
• III – Seção de Apoio Administrativo;
• IV – Núcleo de Apoio Acadêmico.

O Conselho Diretor, órgão superior de deliberação da EEco-UFMG, é constituído por 10 (dez) membros e, entre outras funções, é responsável por deliberar sobre a política e as diretrizes da Estação Ecológica, em consonância com o Regimento Interno da Estação.

A Diretoria é integrada por 2 (dois) docentes, ocupantes do cargo de Diretor e de Vice-Diretor, respectivamente, nomeados pelo Reitor, ouvido o Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão (CEPE) da UFMG, com mandato de 2 (dois) anos, permitida a recondução. A Diretoria é a instância responsável por fazer cumprir os objetivos e finalidades da Estação Ecológica e executar as determinações do Conselho Diretor.

A seção de Apoio Administrativo é composta pelo Gerente Administrativo e pelos servidores técnico-administrativos, em exercício na EEco-UFMG, com função de assessorar e cumprir as determinações da Diretoria.

O Núcleo de Apoio Acadêmico da EEco-UFMG tem caráter consultivo e é composto pela diretoria, pelo Gerente Administrativo e por 03 (três) representantes, pertencentes ao quadro de docentes da UFMG. Cabe ao Núcleo, entre outras atribuições, emitir pareceres sobre atividades de pesquisa, ensino e extensão desenvolvidas na Estação Ecológica.

(*) O Plano de Manejo da Estação Ecológica da UFMG encontra-se em fase de "diagramação".