A Prograd tem quatro Diretorias:

• Diretoria Acadêmica (DA);
• Diretoria de Inovação e Metodologias de Ensino (Giz);
• Diretoria de Programas Acadêmicos para Desenvolvimento do Ensino (Pense);
• Diretoria Universidade e Educação Básica (Dueb).

Elas ajudam na coordenação e gerenciamento das ações planejadas para a Prograd relacionadas às respectivas áreas de atuação.