A Prograd tem cinco Diretorias:

• Diretoria Acadêmica (DA)
• Diretoria de Mobilidadade, Estágios e Bolsas (Dmeb)
• Diretoria de Inovação e Metodologias de Ensino (GIZ)
• Diretoria de Processos Seletivos (Copeve)
• Centro de Apoio à Educação a Distância (Caed)

Elas ajudam na coordenação e gerenciamento das ações planejadas para a Prograd relacionadas às respectivas áreas de atuação.